Naruto Shippuden ocorre 2 anos e meio após Naruto ter deixado a vila para treinar com Jiraiya. Após seu retorno, Naruto descobre que seus amigos shinobi's o superaram na classificação, e ele caiu para trás. No entanto, com apenas 6 meses para resgatar Sasuke, Naruto tem de enfrentar inimigos ainda mais perigosos. O plano da Akatsuki se revela lentamente e os perigos surgem mais do que nunca!
Gaara sabe de um jeito para salvar Naruto e Sakura fará o impossível para que ele não morra. Enquanto isso, o grupo de Orochimaru corre ao encontro de Sasuke, mas alguém de Chakra misterioso e terrível aparece antes. O momento mais dramático da guerra finalmente chega quando Madara consegue o poder que tanto procurou. O Mundo Ninja está prestes a acabar.
Madara consegue o poder que tanto buscou, mas antes de voltar para o seu lado, Obito tem uma surpreendente pergunta a fazer.
No passado, Obito vê seu maior amigo e rival, Kakashi, mudar drasticamente para pior. Ele não é o único a ver essa mudança, e o próprio Terceiro Hokage tenta ajudar de alguma forma um dos ninjas mais talentosos da vila.
Obito não consegue entender como Kakashi acabou virando aquele ninja capaz de sacrificar seus próprios companheiros pelo bem de uma missão. Lembrando do passado, no entanto, ele percebe algo que, na verdade, sempre soube.
Orochimaru e seu grupo correm ao encontro de Sasuke, mas Karin sente um Chakra terrível lá. Enquanto isso, um poderoso reforço chega para ajudar Kakashi, a última esperança para derrotar Madara.
O reforço e última esperança da Aliança Ninja contra Madara finalmente entra em cena: Maito Gai! Com seu poderoso Taijutsu, Gai é o único que pode enfrentar Madara no momento. Mas o preço que ele tem a pagar por tamanho poder é altíssimo, como seu próprio pai ensinou anos antes.
Gai enfim libera os Oito Portões Internos e uma brutal luta entre ele e Madara começa. Enquanto isso, em seu leito de morte, Naruto desperta em um lugar diferente onde um homem o aguarda para conversar.
Entre a vida e a morte, tanto Naruto quanto Sasuke escutam as grandes revelações do homem em sua mente, o Sábio dos Seis Caminhos.
Naruto volta da jornada em que passou 3 anos treinando com Jiraiya e agora é a vez de se tornar o mestre também! E assim um novo e difícil capítulo começa na vida de Konohamaru, o discípulo de Naruto, e ele se esforçará ao máximo para aprender o poderoso Jutsu novo de seu mestre: o Rasengan.
Konohamaru sofre para aprender o Rasengan, enquanto se sente cada vez mais distante, em força, de seu determinado mestre Naruto. Mas ele não pode desistir e, para alcançá-lo, Konohamaru volta a tomar Naruto como seu grande rival.
A violenta luta entre Madara e Gai chega ao fim com Madara pronto para executar Gai, mas Naruto volta bem a tempo de impedir isso. O oponente de Madara agora é não apenas Naruto, mas Sasuke também, e os dois juntos revelarão todo o seu poder e potencial em uma luta de igual para igual.
Obito faz um pedido para Sakura, mas Madara aparece para pegar de volta o que lhe pertence.
Com o poder do Rinne, Madara enfim consegue liberar seu Genjutsu sobre o mundo. Com isso, Zetsu Branco cessa sua batalha contra os ninjas da Aliança e revela o que escondia em seu interior.
Agora que tem em mãos os instrumentos lendários do Sábio dos Seis Caminhos, Tenten corre contra o tempo para ajudar seus amigos na guerra, mas ela é pega no Genjutsu de Madara. Ao acordar, não há guerra e seus amigos estão todos bem, mas ela sabe que aquele mundo não é real.
Tenten precisa descobrir um jeito de sair do poderoso Genjutsu que a prendeu naquele mundo, porque lá não é a sua casa, não é o seu lugar.
No mundo dos sonhos, Killer Bee tem uma importante missão e, para cumpri-la, precisa reunir todos os 9 Jinchuurikis. Mas não vai ser nada fácil tirar cada um deles de suas respectivas vilas sem entrar em confronto com os Jounins ou mesmo com a poderosa Akatsuki.
Bee precisa reunir todos os nove Jinchuuriki para frustrar os planos da Akatsuki e recuperar o poder que suas Bestas de Caudas perderam. Para isso, ele enfrentará até mesmo a oposição de outro Jinchuuriki.
Karin é obrigada a viver toda a sua difícil e trágica vida novamente dentro do Reino do Pesadelo Infinito.
No Reino do Pesadelo Infinito, Tsunade recebe de Jiraiya seu último livro, "A Aventura de Naruto, O Herói", e lê a história de um Naruto que cresceu com o amor de seus pais, mas que ainda enfrenta sua falta de habilidade em Ninjutsu e o ódio das pessoas por ser um Jinchuuriki.
No livro "As Aventuras de Naruto, o Herói", experientes ninjas Jounins estão desaparecendo misteriosamente, mas ninjas Genins são deixados em paz. Para investigar e procurar pelos desaparecidos, quatro times da Folha são designados: Time Kurenai, Time Gai, Time Asuma e Time Kakashi, com seus respectivos Genins.
Naruto é o protagonista do último livro de Jiraiya e, na história, todos os capitães Jounins somem misteriosamente. Para piorar, os times Genins são confrontados pelos poderosos membros da Akatsuki, o que inclui o trio de ninjas da vila da Chuva treinados pelo lendário ninja Jiraiya.
No manuscrito de Jiraiya que Tsunade está lendo, os Jounins da Folha são sequestrados pela misteriosa Akatsuki e sua única salvação são os Genins. Mas eles têm ordens expressas para não agir e apenas reportar o ocorrido, mesmo que isso signifique deixar seus amigos para trás.
O homem mascarado mostra a Neji e Naruto a verdade sobre o passado da vila, em especial sobre o clã Hyuuga. Enquanto isso, Shikamaru, Ino e Chouji ajudam o Time Jiraiya a salvar as crianças.
O homem mascarado fica feliz que os Genin da Folha escolheram salvar vidas em vez de continuar sua missão, mas ordena a seu time que continue sua vigilância. Enquanto isso, Naruto está frustrado com sua falta de habilidade e lembra por que seu pai Minato selou o Nove Caudas dentro dele.
Seguindo ordens do homem mascarado, os inimigos atacam os Genin da Folha com o objetivo de descobrir suas reais intenções, mas Sasuke é atingido pelo veneno letal de seu oponente. Enquanto isso, os outros Genin tentam se reagrupar para decidir se vão ao resgate de seus companheiros ou se voltam para a vila cumprir sua missão.
Tsunade está cada vez mais fissurada no livro de Jiraiya, que narra as aventuras dos jovens Genins da Folha contra inimigos muito mais poderosos. No entanto, diante das 100 marionetes de Sasori, as crianças precisam decidir ali, naquele momento, se vão enfrentar tudo aquilo e voltar para a Vila ou se tentarão resgatar seus amigos e seus professores sequestrados.
O Homem Mascarado finalmente tem sua identidade revelada. Além disso, os Genins da Folha passaram em seu teste e seus professores serão libertados. O final feliz se aproxima, mas a história ainda não acabou.
De volta para casa após o fim da missão, os Genins da Folha precisam enfrentar as consequências de seus atos, principalmente Sasuke.
As diferenças entre Sasuke e Naruto estão cada vez mais insuportáveis e um atrito entre os dois é inevitável. Sem querer perder e com o desejo intenso de ficar mais forte, ambos decidem pelo seu próprio caminho.
Sasuke treina muito para ficar mais forte e consegue um alto cargo na Força Policial da Folha. No entanto, sua forma de fazer justiça é oprimindo os mais fracos, o que causa grande revolta em Naruto quando ele retorna de sua jornada de treinamento. Agora o temperamento dos dois novamente se colide e sua diferença de poder fica clara. O que fazer para não ficar para trás e conseguir mais e mais poder?
Sasuke deixa a vila para encontrar Orochimaru, mas Naruto não vai permitir que seu amigo faça algo perigoso assim. Para deter Sasuke, Naruto e Shikamaru saem escondidos da vila com a ajuda de seus outros amigos, mas tanto o Hokage quanto Danzo estão prontos para entrar em ação.
Sasuke sai da Vila em busca de poder e Naruto vai atrás dele para trazê-lo de volta. No entanto, perigosos membros da Fundação, a violenta facção de Danzo, partem para deter os jovens da Folha numa luta de vida ou morte.
Mesmo com a violenta perseguição dos ANBU da Fundação, Naruto alcança Sasuke, mas a recepção não é nada calorosa.
Após falhar em sua mais importante missão, Naruto volta para a vila, onde uma terrível surpresa o aguarda.
Para salvar todos os seus companheiros, Naruto precisa dominar o poder da Raposa de Nove Caudas e sua mãe decide ajudá-lo. Mas seu desafio vai além disso, pois Naruto também precisa entender a dor de Pain.
Vários meses após o ataque de Pain, Jiraiya volta à vila com informações sobre a Akatsuki, que sequestrou os Kages de diversas vilas, e também sobre Sasuke, que está trabalhando com eles. Agora Naruto quer vencer de vez a terrível organização e trazer Sasuke de volta.
Naruto quer trazer Sasuke de volta para a vila, mas Sasuke só pensa em derrotá-lo. Por que Sasuke tem tanto ódio, da onde surgirem esses sentimentos que ele tem por Naruto?
Sasuke usa seu Susano'o para evitar que ele, Naruto, Sakura e Kakashi caiam no poderoso Genjutsu de Madara. E enquanto todos caem no mundo do sonho infinito, Sasuke se lembra de tudo que seu irmão lhe passou antes de dizer adeus: seu passado, seu conhecimento, seus pensamentos.
Aos 4 anos de idade, Itachi viu um campo de batalha. Agora, aos 6, Itachi entra para a Academia Ninja. Mas a escola não parece conseguir acompanhar o ritmo de uma criança que deseja conhecer e entender mais e mais o mundo ninja.
Itachi pula várias séries na Academia Ninja e se forma. Agora como Genin, ele pega missões com seu time, mas vida de um ninja revela ser muito dolorosa.
Aos 8 anos, Itachi desperta seu Sharingan, o que é esperado de um ninja tão excepcional. Mas algo o incomoda, e quando Shisui, outro prodígio do clã Uchiha, faz um pedido, Itachi não hesita em ajudar.
Itachi cresce como um grande ninja, mas agora seu imenso poder é disputado entre sua Vila e seu Clã. Enquanto isso, torna-se cada vez mais iminente a revolta dos Uchiha contra a Folha, e Itachi percebe que se for contra seu clã, terá como maior inimigo e oponente o ninja mais poderoso dentre os Uchiha: seu pai.
Renegado da vila que salvou às custas do sangue de seu próprio clã, Itachi entra para a Akatsuki, a organização criminosa que pretende dominar o mundo.
Um dos membros da Akatsuki é Orochimaru, um dos Ninjas Lendários da Folha. Mas quando ele deserta após tentar tomar o corpo de Itachi, pouco depois da morte de dois outros membros, a Akatsuki se vê obrigada a se reestruturar recrutando novos membros.
Após muitas lágrimas de sangue, a história de Itachi chega ao fim, mas não sem antes ele garantir que seu amado irmão, Sasuke, fique em segurança e saiba de toda a verdade.
A misteriosa Otsutsuki Kaguya aparece. Zetsu Negro tem um segredo revelado. O destino do mundo está nas mãos de Naruto e Sasuke.
Otsutsuki Kaguya surge de repente dos céus, causando surpresa às pessoas do País do Sou. Mas o rei do País do Sou, o Lorde Tenji, ficou encantado com ela e quer tê-la como sua concubina. Nesta época de guerras sem fim, Kaguya deseja apenas a paz. Como a protetora da Árvore Divina, ela logo se vê engolida pelas marés de caos e da guerra.
Hagoromo e Hamura descobrem o que há por trás do Ritual da Árvore Divina. O sapo falante, Gamamaru, aparece.
O desfecho da história de Kaguya, Hagoromo e Hamura é finalmente contado. Zetsu revela como manipulou a todos para que o ajudassem a reviver Kaguya ao longo de mil anos.
Naruto usa um Jutsu incomum e inesperado no duelo contra Kaguya. Naruto precisa encontrar Sasuke o mais rápido possível!
Hagoromo conta a história da criação do Ninshu e como conseguiu uma legião de seguidores construindo pontes.
Hagoromo segue contando a história sobre seus filhos. Um javali gigante aparece na floresta! Uma figura estranha aparece diante de Indra na floresta...
Para decidir o sucessor do Ninshu, Hagoromo envia Ashura e Indra em uma jornada. Ashura sente uma energia estanha na vila em que está ficando, então vai investigar mais sobre.
Ashura descobre o motivo da doença das pessoas do vilarejo e tenta resolvê-lo! Os habitantes do vilarejo descobrem a ligação do Ashura com o NInshu...
Hagoromo toma sua decisão e escolhe o sucessor do Ninshu! Hagoromo conta o que o Sharingan fez com Indra.
Naruto, Sasuke e Sakura decidem fazer uma missão de rank S que apenas eles conseguiriam: descobrir como é o rosto de Kakashi por trás da máscara! Sukea, um fotógrafo e ex-ANBU, os ajudará na missão.
A procura por Sasuke nos espaços-tempo de Kaguya continua. Zetsu descobre o plano de Naruto.
A luta entre Naruto e Kaguya continua. Um pouco mais da história de Obito é mostrada.
A história de Obito está passando diante de seus olhos. Obito confia o que ele acredita em Naruto.
A luta entre o Time 7 e Kaguya continua. Obito decide voltar para lembrar o Kakashi de quem ele realmente é: o Ninja Copiador, Kakashi do Sharingan.
A luta contra Kaguya chega a um fim. O Sábio dos Seis caminhos ajuda o Time 7 a sair do espaço-tempo de Kaguya. Naruto manda um recado para sua mãe por meio de seu pai.
A batalha contra Kaguya acabou, e tudo o que resta para Naruto e Sasuke fazer é combinar seus poderes para dar fim ao Reino do Pesadelo Infinito. Mas antes disso, Sasuke faz uma declaração chocante.
Sasuke explica a Naruto como ele acha que um Hokage deve ser. O duelo final entre Naruto e Sasuke tem início!
A batalha no Vale do Fim entre Naruto e Sasuke continua. Serão Naruto e Sasuke capazes de acertar suas desavenças?!
Naruto e Sasuke têm uma longa conversa. Sasuke quer saber por que Naruto nunca desistiu dele, mesmo apesar de tudo.
A confusão entre Naruto e Sasuke finalmente chega ao fim. Naruto se surpreende ao descobrir o novo Hokage da Vila da Folha.
Um pouco da história da infância de Naruto e Hinata é mostrada.
Um pouco da história da infância de Sasuke e Sakura é mostrada.
Um pouco da história da infância de Gaara e Shikamaru é mostrada.
Um pouco mais sobre o passado de Jiraiya e Kakashi é mostrado.
Humanos explosivos começam a atacar a Vila da Folha, e uma ajuda inesperada será necessária!
Sasuke quer encontrar o responsável pelos ataques dos humanos explosivos. Para isso, ele vai recorrer a uma ajuda inesperada.
Sasuke vai em busca de Fuushin e descobre o alvo dos ataques dos humanos explosivos.
É contada a história sobre o clã Chinoike e sobre a habilidade "Ketsuryugan".
Os planos de Fuushin são revelados e Sasuke age! Sasuke retorna ao Coliseu!
Dois anos já se passaram desde a Quarta Grande Guerra Ninja, e agora Shikamaru tem um cargo importante dentro do governo da Vila da Folha, como um representante da Aliança. Um dia, com o desaparecimento de ninjas, Shikamaru deve ir a uma perigosa missão...
A missão de Shikamaru continua, e dessa vez, ele está envolvido em mais perigo ainda. Soku tem pensamentos sobre deserdar a vila, e acaba preocupando muito Shikamaru...
Shikamaru continua sua missão para recuperar Sai, e descobre quem é o homem por trás do mistério: Gengo.
Shikamaru, Ro e Soku continuam presos no castelo de Gengo, enquanto Shikamaru tenta descobrir como Gengo faz para que suas palavras tenham tanto poder.
Ino, Choji e Temari correm para ajudar Shikamaru! Choji estará a cargo de lidar com Ro, Temari com Soku e Ino com Sai. Enquanto isso, Shikamaru continua a seguir Gengo. Será Shikamaru capaz de derrotar as ambições malignas de Gengo?
O casamento de Naruto e Hinata agora já tem data. Quando Kakashi nota que o casamento está se aproximando, vê um problema: os amigos de Naruto e Hinata são todos ninjas de primeira linha da defesa da vila. Eles trabalham 24 horas por dia, então haverá alguns que não poderão ir à celebração. Assim, Kakashi tenta encontrar a maneira mais justa para solucionar isso, então anuncia uma missão supersecreta: arrumar um presente de casamento para o casal.
Todo mundo na Vila da Folha está desesperado para conseguir um bom presente para dar ao casal, mas a missão se provou muito difícil. Iruka está dividido sobre fazer ou não o teste de promoção para vice-diretor. Lee não consegue pensar em um presente, então vai pedir a ajuda de Gai...
A missão supersecreta para encontrar um presente de casamento para Naruto e Hinata se provou muito difícil para Shikamaru. Choji encontra o presente perfeito, o que deixa Shikamaru ainda mais em pânico. Finalmente, Shikamaru tem uma ideia, mas ele precisará da ajuda da Temari...
Por causa da conferência dos Cinco Kages, Gaara se encontra na Vila da Folha, e também entra no drama de escolher um presente apropriado para Naruto. Kankuru e Rock Lee tentam ajudá-lo, mas ele continua achando a escolha muito difícil!
Shino e Kiba ainda não compraram um presente para o casamento de Hinata e Naruto. Kiba definiu que sua próxima meta é se tornar Hokage. Contudo, ao contrário de seus amigos, que estão indo atrás de seus sonhos, Shino não sabe o que fazer. Como será a última missão do Time 8?!
Um dia, Naruto já viveu sozinho, odiado por todos. Mas as palavras e presença de Iruka em sua vida tem ajudado Naruto até hoje. Enquanto o casamento de Naruto e Hinata se aproxima, Iruka não consegue imaginar o que realmente foi para Naruto, e não sabe o que falar para ele em sua mensagem.
Naruto faz um pedido inusitado a Iruka. O dia do casamento de Naruto e Hinata finalmente chegou!
竹内順子Naruto Uzumaki (voice)
Noriaki SugiyamaSasuke Uchiha (voice)
中村千絵Sakura Haruno (voice)
Kazuhiko InoueKakashi Hatake (voice)
Showtaro MorikuboShikamaru Nara (voice)
Satoshi HinoSai (voice)
Akira IshidaGaara (voice)
石川英郎Itachi Uchiha (voice)
遠近孝一Neji Hyuga (voice)
根本圭子Shizune (voice)
KujiraOrochimaru (voice)
勝生真沙子Tsunade (voice)
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