Dana Scully e Fox Mulder são dois agentes do FBI que investigam casos não solucionados, estranhos e inexplicáveis que envolvem fenômenos paranormais.
Enquanto a agente Scully enfrenta uma possível demissão por parte do FBI, prepara-se uma caçada para encontrar o agente Mulder, que está desaparecido. Scully, a pesar de tudo, tenta descobrir sua localização, convencida de que ainda está vivo.
Mulder retorna enquanto a caçada ainda está em andamento. Guiados por uma velha fotografia de seu pai e um grupo de científicos, os agentes descobrem mais do que podem imaginar em um antigo depósito de West Virginia. A verdade pode ser mortal.
Os agentes investigam a morte de vários jovens, que foram aparentemente alcançados por um raio na mesma e pequena cidade. Também, um adolescente descobre que possui incríveis poderes elétricos após sobreviver a ser atingido por um raio.
Alguém está assassinando psíquicos de vários tipos. Um leitor de folhas de chá, outro de cartas de tarô e outro de palmas são as vítimas aparentes de um assassino em série. Mulder conhece Clyde Bruckman, quem pode ser um psíquico verdadeiro.
Após o condenado a morte, Napoleão 'Neech' Manly, ser executado na cadeira elétrica em Florida, vários guardas são vítimas de horríveis assassinatos. Há boatos na prisão sobre uma lista de assassinatos com cinco nomes.
Os agentes irão a Cleveland para investigar uma estranha morte. Foram encontrado os restos de uma mulher, mas seu corpo está em avançado estado de decomposição. Mulder acredita que o assassino usa salas de chat para atrair suas vítimas.
Victor Stans tentou se suicidar várias vezes, mas sempre falha e afirma: 'Ele não me deixa morrer'. Diz ver a sombra ou o contorno de um soldado que o tortura. Os agentes descobrem que sua família morreu em um incêndio.
Investigam o caso de Amy Jacobs, de 15 anos, sequestrada de seu quarto durante a noite. Ao mesmo tempo, Lucy Householder colapsou no trabalho. Ambas têm sangramento do nariz e a polícia descobriu que Lucy foi sequestrada.
Mulder compra um vídeo de uma 'autopsia alienígena' e apreende um diplomático japonês que possui documentos sobre vagões utilizados como laboratórios rodantes. Scully conhece várias mulheres que revelam informação sobre seu desaparecimento.
Mulder fica preso a bordo de um trem equipado com um dispositivo explosivo após encontrar o vagão que contém o equipamento científico. Scully procura a verdade por trás da relação entre o governo e experimentos secretos.
Os agentes investigam a morte de um evangélico que afirmava possuir as feridas de Cristo na cruz. Mulder sabe que aconteceram outras mortes similares, mas depois conhece Kevin Kryder, de 12 anos, que aparentemente apresenta esses sinais.
O agente Mulder vai a uma cidade que parece ser atacada por baratas assassinas. Ao descobrir a existência de um experimento local em andamento, Mulder encontra a entomóloga envolvida. Porém, a resposta reside em outro experimento.
Os agentes investigam várias mortes de crianças da mesma escola. A cidade está alterada e culpa uma seita satânica. Mulder visita um astrólogo local que revela um alinhamento planetário estranho, que afeta dois adolescentes.
O FBI prende o assassino em série John Mostow, responsável pela morte de 7 homens. Mostow afirma ter sido possuído por um espírito. Enquanto é custodiado, acontecem ataques similares e Mulder acredita que Mostow pode dizer a verdade.
Os agentes investigam o caso da tripulação de uma nave francesa, em que todos os homens, exceto um, sofrem queimaduras por radiação. Mulder está interessado porque a nave funcionava no que ele acredita ser o local do acidente de um OVNI.
Enquanto o subdiretor Skinner está no hospital, Mulder descobre mais pistas sobre os segredos do governo envolvendo uma entidade alienígena e uma aeronave afundada da segunda guerra mundial. Scully persegue o homem que assassinou sua irmã.
Scully e Mulder investigam uma série de mortes catalogadas de suicídios. Robert Patrick Model confessou ser o culpado por telefone e o FBI tenta prendê-lo. Quando conseguem, o carro em que está sofre um acidente de trânsito.
Uma maldição cai em um grupo de arqueólogos após escavar uma urna sagrada na América do Sul e transportá-la para um museu de Boston. Enquanto os agentes continuam a investigação, o Departamento do Estado considera se deve devolver as relíquias.
Ao trabalha com o detetive Glen Chao, que fala chinês, Mulder descobre uma pista quando encontra peças de dinheiro do diabo, usado como oferenda simbólica. Isso os leva a um jogo mortal entre imigrantes recém chegados, necessitados de dinheiro.
O renomado autor Jose Chung está escrevendo um livro sobre a abdução alienígena de um casal investigado pelos agentes Mulder e Scully. Scully lhe oferece a maior parte da informação sobre o caso, porque Mulder não está disponível.
Prestes a se divorciar, o deprimido subdiretor Skinner conhece Carina Sayles no bar de um hotel e decidem passar a noite juntos. Ao acordar no outro dia, Carina está deitada a seu lado, morta e com o pescoço quebrado.
Mulder suspeita que uma besta similar ao monstro do Lago Ness é responsável pela morte de várias pessoas que moram perto de um grande lago. A última vítima é um guarda-florestal. Scully é afetada pelo 'monstro' de uma maneira muito pessoal.
Os agentes investigam uma série de assassinatos relacionados com um dispositivo que pode alterar sinais de televisão e infundir paranoia no receptor. Isto é confirmado quando Scully encontra Mulder fazendo piadas e rindo com o Canceroso.
Os agentes investigam um tiroteio em um restaurante de comidas rápidas envolvendo um homem que pode curar com suas mãos e também mudar sua aparência a qualquer momento. Enquanto investiga, Mulder descobre que sua mãe teve um infarte.
David Duchovny
Gillian Anderson
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