A série se passa na "Cosmic Era" (Era Cósmica) e inicia a saga nesta era do universo Gundam. Tudo começa com a guerra de Bloody Valentine entre a Terra e as colônias. De um lado estava a Aliança Terrestre e do outro ZAFT representando, respectivamente, Terra e PLANT (colônias). Nesta era, a humanidade está dividida entre Naturais, humanos sem qualquer manipulação genética e os Coordinators, humanos alterados geneticamente para alcançar patamares mais altos de desempenho. O ódio entre alguns representantes de ambas as nações é enorme e, assim, uma nova guerra acontece.
No ano 72 da Era Cósmica, o Tratado de Junius encerrou a hostilidade entre ZAFT e a Aliança da Terra. O tratado proíbe o uso de armas nucleares e limitam o uso de forças armadas de ambos os lados. No entanto, ainda há tensão entre Coordinators e Naturals, e a paz continua sendo frágil.
Com o ataque ao arsenal 1, Athrun utiliza um mobile suit da ZAFT para levar Cagalli a um local seguro. Os três Gundams roubados lutam contra o ZAKU de Athrun, que é resgatado pelo Impulse Gundam, pilotado por Shinn Asuka da ZAFT.
Shinn e Roanoke têm dificuldades contra Neo Roanoke, o comandante inimigo. Para ajudar os pilotos, a capitã Talia Gladys ordena que a nova nave de combate, Minerva, zarpe do arsenal 1 para se unir ao combate. As forças inimigas recuam e o Minerva persegue.
Minerva segue ao cinturão de detritos que cerca a Terra e envia Shinn e Lunamaria Hawke para perseguir a nave-mãe inimiga. No entanto, Neo fez os pilotos da ZAFT seguirem um chamariz.
A bordo do Minerva, o presidente Durandal recebe as notícias chocantes. As ruínas de Junius Seven, a PLANT destruída no infame Fevereiro Sangrento saiu de sua órbita estável e etra em rota de colisão com a Terra.
O Minerva lança os mobile suits para dar apoio à equipe de demolição de Yzak. Shinn, Rey, Lunamaria e Athrun se unem à batalha contra o grupo misterioso que pôs Junius Seven em rota de colisão com a Terra.
Apesar dos esforços heroicos da tripulação, o Minerva não conseguiu evitar o desastre, e fragmentos de Junius Seven causaram grandes estragos a Terra. O Minerva recuperam Shinn e Athrun na descida à Terra e rumam a Orb para que Cagalli volte a sua nação e para consertar os danos sofridos.
Quando o Minerva chega a Orb, Cagalli retoma suas funções como presidente. O ministro Unato Ema Seiran relata os danos causados pela queda de Junius Seven e pede que a aliança com a Federação Atlântica seja aprovada.
A Federação Atlântica e seus aliados declaram guerra às PLANTs em resposta à queda de Junius Seven. Embora o presidente Durandal ainda queira uma resolução diplomática, a ZAFT é mobilizada para defender as PLANTs.
O presidente Durandal conta para Athrun os detalhes do último ataque das Forças da Terra às PLANTs. Abrindo mão do codinome Alex Dino, Athrun assume sua verdadeira identidade e pede que Durandal não deixe o conflito virar outra guerra.
O conflito continuam aumentando de proporção conforme as Forças da Terra cercam as bases da ZAFT em Gibraltar e Carpentaria, e o Conselho Supremo das PLANTs decide retaliar em defesa. Apesar de suas intenções, Cagalli cede aos ministros e Orb se alia à Federação Atlântica.
A tripulação do Minerva encontra uma frota das Forças da Terra esperando logo além das fronteiras de Orb, e precisa abrir o caminho. Enquanto Rey e Lunamaria defender a nave, Shinn se engaja em um combate aéreo contra os mobile suits das Forças da Terra, mas a situação muda quando o inimigo mobiliza um mobile armor com um escudo refletor de pósitron, capa de resistir ao tannhauser do Minerva.
Graças às proezas em combate do Shinn, o Minerva supera as Forças da Terra. A nave segue rumo à Carpentaria enquanto o governo Orb oficializa a aliança com a Federação Atlântica.
Diante da tentativa de assassinato contra Lacus, Kira e seus amigos percebem que foram alvo do governo das PLANTs. Kira recebe uma carta de Cagalli, em que ela conta que pretende se casar com Yuna e pede que o anel de Athrun seja devolvido.
A bordo do Archangel, Cagalli repreende a tripulação por raptála no meio do casamento. Kira devolve o anel do Athrun a ela e pede que Cagalli se una a eles para uma resposta melhor aos problemas do mundo.
Conforme Minerva navega pelo Oceano Índico, ele chama a atenção de um velho inimigo, Neo Roanoke da força-tarefa de elite Phantom Pain. Neo pede auxílio das Forças da Terra próxima e inicia um combate aéreo contra o Minerva.
Em fuga, o Archangel se esconde debaixo d'água no Reino da Escandinávia, que se mantém neutro. A bordo, Kira e seus amigos ponderam sobre os planos futuros.
Conforme Minerva se aproxima do portão de Lohengrin, Athrun explica o plano de combate aos demais pilotos. Enquanto o Minerva e os soldados da base Mahamul chamam a atenção das Forças da Terra, um piloto atacará o canhão de pósitron por um túnel escondido.
O Minerva continua no Mar Negro e atraca em Diocuia. Recém libertada do controle das Forças da Terra, Diocuia é a última parada da turnê de Meer Campbell para motivar as forças.
Este episódio reconta a história de Shinn. Durante a guerra anterior, Shinn e sua família viviam em paz em Orb, mas mesmo a nação neutra acabou se envolvendo no conflito.
Depois do encontro com o presidente Durandal, os pilotos do Minerva recebem um dia de folga, com direito a quartos privados em um hotel de Durandal, e Athrun recebe uma visita inesperada. Os pilotos também conhecem Heine Westenfluss, um membro da FAITH que foi designado como novo piloto do Minerva.
Cedendo à pressão das Forças da Terra, o governo de Orb aceita entrar em combate contra a ZAFT. Comandados por Yuna Roma Seiran, uma força da Orb vai dar apoio à Phantom Pain de Neo Roanoke.
A batalha entre o Minerva e a frota da Orb é interrompida pelo Freedom de Kira. Cagalli entra em combate e ordena que as forças de Orb parem, mas Neo pressiona Yuna a continuar, sem reconhecer que as ordens vieram da Cagalli de verdade.
Danificado, Minerva recua a um porto do Mar de Mármara para manutenção. Perturbado pelo caos que seus antigos companheiros criaram na luta, Athrun resolve sair do Minerva e buscar o Archangel para falar pessoalmente com Kira.
Athrun arranjou um encontro com Kira e Cagalli, mas eles não conseguem se entender como antes. Mesmo ao saber da tentativa de assassinato contra Lacus, Athrun ainda acredita nas boas intenções do presidente Durandal e volta ao Minerva depois de pedir que evitem que Orb se envolva na guerra.
Depois de partir sozinho para o laboratório de Lodônia, Stella Loussier é capturada pelos pilotos do Minerva. Shinn leva Stella ferida a bordo do Minerva, mas os médicos não podem fazer muita coisa por conta de sua fisiologia anômala.
Mesmo com Neo se preparando para outro ataque contra o Minerva, a ZAFT está no encalço do Archangel. Enquanto o presidente Durandal supervisiona a busca por Lacus, a capitã Gladys do Minerva recebe relatos sobre o encontro secreto entre Athrun e Kira e Cagalli.
Enquanto o Minerva tem dificuldades contra as Forças da Terra e de Orb, Freedom e Archangel aparecem de novo no campo de batalha. Cagalli insiste para que as forças de Orb encerrem o combate, mas Yuna ordena que o ataque prossiga.
Lacus volta ao espaço para se unir a seus aliados a bordo do Eternal, agora escondido em um aglomerado de asteroides. O presidente Durandal ordena que a busca por Lacus continue, insistindo que ela é uma impostora.
Depois da batalha em Creta, o Archangel acolhe os sobreviventes da frota de Orb, que pedem para se unir a Cagalli. Enquanto isso, Minerva está em reparos antes de seguir para Gibraltar.
Shinn e Rey levam Stella de volta a seus aliados para salvar sua vida. Como punição por não cumprir as leis militares, os dois são detidos enquanto a liderança da ZAFT decide o que será feito.
Destroy avança para Berlim, destruindo todas as cidades em seu caminho. O Archangel chega para enfrentar o Destroy, mas nem mesmo o Freedom é páreo para seu poder esmagador.
Depois de pôr o corpo de Stella para descansar, Shinn volta ao Minerva com uma nova determinação. Ao visitar o quarto de Shinn, Athrun vê que ele e Rey estão fazendo simulações de combate contra o Freedom.
O presidente Durandal revela a existência da Logos ao público, e deixa o mundo todo em confusão. Kira e Cagalli temem que agora Orb esteja em perigo, e voltam para lá com o Archangel.
Mesmo que o Archangel tenha escapado do ataque do Minerva, o Freedom foi destruído, e a nave também está bastante danificada. Depois de recuperar o Kira, Archangel segue a Orb, enquanto Shinn volta ao Minerva e é recebido como herói.
O presidente Durandal, ao lado de Meer Campbell, apresenta novos mobile suits a Athrun e Shinn. Shinn fica encantado com o presente, mas Athrun ainda não aceita a ordem de ataque ao Archangel.
Athrun e Meyrin fogem de Gibraltar com o mobile suit roubado, enquanto Shinn e Rey perseguem com Destiny e Legend. Sob a alegação de terem roubado informações confidenciais, o presidente Durandal ordena que Shinn e Rey abatam os dois.
A ZAFT se reúne na base Heavens esperando a reposta das Forças da Terra ao ultimato do presidente Durandal. A bordo do Minerva, Lunamaria canaliza sua dor contra a Logos, enquanto Shinn tenta consolá-la.
ZAFT toma a base Heavens e descobre que Durandal fugiu, então o presidente Durandal ordena que ele seja prseguido. A bordo do Archangel, Kira lamenta sua impotência e pensa no que virá a seguir.
Shinn e Rey recebem medalhas de honra ao mérito pelas conquistas na base Heavens, e o presidente Durandal os condecora como membros da FAITH. No entanto, uma nova crise começa, pois ZAFT descobriu que Djibril se refugiou em Orb.
Cagalli muda a maré da batalha no mobile suit dourado, Akatsuki, mas agora se vê diante dos reforços do inimigo, o Minerva e o Destiny. Mesmo com o Archangel correndo a seu auxílio, Kira e Lacus voltar com novos mobile suits.
A ZAFT renova o ataque contra a Orb. Shinn e Rey entram no campo de batalha com Destiny e Legend, e Athrun ajuda Kira a bordo co novo Justice. Enquanto os quatro mobile suits se enfrentam, a situação muda quando Gladys ordena a retirada da ZAFT.
A verdadeira Lacus Clyne se mostra ao mundo e a impostora é exposta. Enquanto presidente Durandal manda Meer Campbell se esconder, a ZAFT e seus aliados se debatem com essa nova revelação.
Embora o canhão Réquiem não tenha atingido Aprilius conforme o desejado, ele provocou a destruição das PLANTs ao redor. Em resposta a isso, ZAFT manda sua frota lunar atacar a primeira estação de retransmissão do Réquiem, enquanto o Minerva se apressa para a base Daedalus para apreendê-lo.
Com a base Daedalus tomada pela ZAFT, a morte de Djibril e as estações de retransmissão do Réquiem sob controle da ZAFT, a vitória do presidente Durandal parece ser absoluta. Enquanto o mundo aguarda os próximos passos de Durandal, Archangel vai a Copernicus para monitorar a situação.
Lacus e seus companheiros voltam ao Archangel com o corpo de Meer Campbell. Agora que Meer deu a vida para salvar Lacus, Athrun se envergonha de perceber como sabia pouco sobre ela.
A paz frágil é destruída, conforme o mundo novamente é colocado em tumulto pelo Plano do Destino do Durandal. Para eliminar conflitos e garantir a paz eterna, Durandal pretende usar análise genética para determinar a missão de vida de todos.
Ao usar o canhão Réquiem contra a base Arzachel, o presidente Durandal mostrou que destruirá todos que se opuserem ao Plano do Destino, e Orb será o próximo alvo. A frota espacial de Orb ataca a base Daedalus antes que o Réquiem possa disparar de novo, enquanto Archangel e Eternal tentam destruir a primeira estação de retransmissão.
Depois de eliminar a primeira estação de retransmissão do Réquiem, Archangel e Eternal se apressam para a Lua para se unir ao ataque, mas têm o caminho interceptado pela fortaleza Messiah. Kira diz para Athrun e Archangel continuarem para a destruição do Réquiem, enquanto o Eternal fica e lida com Messiah.
Kira confronta o presidente Durandal, que parece estar pronto a aceitar seu destino.
Kenichi SuzumuraShinn Asuka (voice)
Maaya SakamotoLunamaria Hawke (voice)
関俊彦Rey Za Burrel (voice)
Fumiko OrikasaMeyrin Hawke (voice)
Mami KoyamaTalia Gladys (voice)
高橋広樹Arthur Trine (voice)
Akira IshidaAthrun Zala (voice)
保志総一朗Kira Yamato (voice)
田中理恵Lacus Clyne (voice)
進藤尚美Cagalli Yula Athha (voice)
Kotono MitsuishiMurrue Ramius (voice)
Takehito KoyasuMu La Flaga / Neo Roanoke (voice)
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