Infectado por nanites alteradores de moléculas, Rex, um garoto de 15 anos, possui a habilidade de fazer crescer máquinas incríveis de seu corpo. Recrutado por uma organização chamada Providência, Rex viaja pelo mundo investigando grupos de mutações biológicas que foram criadas pelos mesmos nanites que deram a ele seus poderes.
Rex derrota e cura um E.V.O. gigante que destruía uma cidade e o transforma em um homem novamente. Criticado por seus superiores por causa de sua imprudência e frustrado por sua falta de liberdade, Rex deixa a Providência ao lado de Haha e parte em uma viagem. Na cidade, ele conhece um grupo de jovens e usa seus poderes para pegar refrigerante de graça em uma máquina.
Rex é enviado a uma missão em Manhattan, onde um EVO humano chamado Peter Meechum, que tem o controle de seus nanites, está transformando os humanos em zumbis infectados. Rex tenta curá-lo, mas o Cavalheiro Branco tem seus próprios planos.
Na esperança de finalmente poder fazer algo normal, Rex planeja uma nova escapada, levando Noah e Haha ao destino turístico de Cabo Luna para comemorar a chegada da primavera. Durante um jogo de vôlei, ele se apaixona por uma garota chamada Cirene.
Enquanto investigam um buraco misterioso no zoológico da Providência, Rex e Noah se deparam com uma incrível aranha E.V.O.
Rex viaja pelo deserto e se depara com uma equipe de construção que está sendo atacada por ratos. Ao tentar salvar o grupo, ele é convidado pelo chefe, Jacob, para conhecer um vilarejo.
Depois de absorver nanites de E.V.O.s curados, Rex sofre as consequências. E ele é levado a uma base remota da Providência no Ártico chamada Paraíso para que os nanites em excesso sejam extraídos e armazenados.
Agentes da Providência se mobilizam para deter Van Kleiss quando ele chega a Nova York a bordo de uma gigantesca baleia E.V.O., mas são forçados a recuar quando descobrem que o vilão está lá para se dirigir à ONU.
Rex acorda em um colégio interno assustador e vazio, mas repleto de manequins e animais empalhados. A Providência capturou Branca, e, enquanto Seis e Haha são detectados em um deserto qualquer, Rex não pode ser localizado.
Pessoas poderosas recebem pacotes cheios de substâncias que ativam nanites e os transformam em EVOs destrutores. O Cavalheiro Branco envia Rex, Seis, Haha e a Doutora Holly à Amazônia para proteger uma base abandonada.
Uma equipe de soldados da Providência, liderada pelo Capitão Calan, que carrega um importante dispositivo de informação, é atingida. Rex, Seis e Haha são chamados para resgatar o dispositivo e os sobreviventes da tripulação.
Rex é seguido por um coelho E.V.O. carnívoro que ele havia insultado. Surpreendentemente, toda vez que eles se encontram, Rex encara uma derrota humilhante. E ele se sente ainda pior quando Noah o convence a acompanhá-lo ao baile de formatura.
Enviado para uma missão em Hong Kong com o Agente 6 para deter três criminosos E.V.O.s, Rex descobre que um membro da gangue chamado Tuck o conhecia, apesar de não se lembrar dele.
Uma pulga que Rex estava cuidando é destruída por um justiceiro E.V.O. que utiliza uma arma avançada capaz de fazer os nanites se autodestruírem.
ZAG-RS tenta destruir os nanites de uma vez por todas e invade um satélite de Providência, que leva a Doutora Holiday. Ao desconectá-lo para evitar que ZAG-RS fuja, o satélite começa a cair sobre a Terra.
Rex recebe uma ligação de Cirene, que afirma que há um problema no Abismus; Agente Seis e Doutora Holly vão ao encontro de Rex quando uma anomalia é detectada; Macaco Haha coordena uma missão para distrair Cavaleiro Branco.
Rex enfrenta um grupo de gafanhotos mutantes que se alimentam de metal, deixando para trás um rastro de destruição. Mas derrotá-los não será tarefa fácil. Quando são atacados, os gafanhotos se dividem em dois.
Rex decide ir ao campo de treinamento da Providência, em uma tentativa de superar Noah. No acampamento, eles devem dissecar E.V.O.s, fazer abdominais até vomitar e também escovar os dentes de uma forma bem específica.
Um vírus poderoso põe toda a América do Norte parar dormir em um sono profundo. Os E.V.O.s são imunes, mas Macaco acaba infectado, tornando Rex o agente solitário enviado pelo Cavaleiro Branco para cuidar do surto.
É o aniversário de Rex e Seis começa a lembrar como era quando a Providência estava se formando.
Um enorme comboio da Providência comandado por Seis transporta uma carga de nanites instáveis pelo deserto. Rex, Macaco e Noah recebem a missão humilhante de transportar o papel higiênico da força em um caminhão todo arrebentado.
Rex e Noah voltam para a sede da Providência quando recebem a notícia de que bases da organização ao redor do mundo estão sendo atacadas. Tendo perdido seus poderes de controlar a natureza para Rex, Van Kleiss decide se vingar.
Daryl Sabara
Troy Baker
Grey DeLisle
Fred Savage
Wally Kurth
John DiMaggio
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